Die Zusammenarbeit auf dem Gebiet der Kultur, Bildung und Wissenschaft nimmt traditionell einen wichtigen Platz in den mongolisch-deutschen Beziehungen ein. Die Exponenten der mongolischen Intelligenz der Neuzeit wurden von der deutschen Kultur geprägt, z.B. der spätere Begründer der modernen mongolischen Literatur Herr D.Natsagdorj war seinerzeit als Jugendlicher in den zwanziger Jahren des 20.Jh in Leipzig zur Ausbildung.

Heute sprechen ca. 30000 Mongolen Deutsch: gemessen an der Größe der Bevölkerung hat die deutsche Sprache in der Mongolei damit eine in Ostasien einzigartige Bedeutung. Deutschland als Studienzielland ist bei den jungen Mongolen sehr beliebt. In diesem Zusammenhang besteht auch das Anliegen der mongolischen Seite, in der Zukunft eine Erleichterung des Zugangs zu deutschen Hochschulen für mongolische Studienbewerber zu erreichen.

Im Mai 2004 fand in Berlin die erste Tagung der gemischten Deutsch-Mongolischen Kulturkommission seit dem Abschluss eines neuen Kulturabkommens (1997) statt. Deutschland und die Mongolei verständigten sich – im 30. Jahr ihrer diplomatischen Beziehungen - unter anderem darauf, die Kulturbeziehungen zwischen beiden Ländern zu erweitern, die Zusammenarbeit in Bildung und Forschung auszubauen, bessere Bedingungen für die Beteiligung von Schulen, Hochschulen, Forschungseinrichtungen, Nichtregierungsorganisationen (DAAD, DFG, Akademie der Wissenschaften) und Einzelpersonen am Kultur- und Bildungsaustausch zu schaffen und den Unterricht der deutschen Sprache in Schulen der Mongolei sowie der Mongolistik in Deutschland zu fördern. Stipendienprogramme und Begegnungen von Künstlern, Jugendlichen und Sportlern werden von den offiziellen Stellen beider Länder nach Kräften unterstützt.

Weitere gute Beispiele der Zusammenarbeit sind: die gemeinsame archäologische Expedition für die Ausgrabung der alten Hauptstadt Kara Korum, deren Funde wurden im Jahr 2005 in der Ausstellung "Dschingis Khan und seine Erben" in Bonn und München zu sehen sein, diese Ausstellung befand sich unter der Schirmherrschaft der beiden Regierungschefs; in der Mongolischen Staatsbibliothek besteht seit Oktober 2003 ein vom Goethe-Institut eingerichteter deutscher Lesesaal; das ZDF, der MDR und die Deutsche Welle kooperieren mit dem mongolischen Fernsehen und dem mongolischen Rundfunk.